賃金規程の作り方｜固定残業代と手当の設計の注意点

執筆　公認会計士・税理士 鈴木佑也

※本記事は2026年10月7日時点の公表資料に基づきます。

この規程の目的と審査での位置づけ

賃金規程は、基本給、諸手当、割増賃金、賞与などの賃金の決め方、計算方法、締切日と支払日、支払方法を定める規程です。労働基準法89条2号は、賃金の決定、計算及び支払の方法、賃金の締切り及び支払の時期並びに昇給に関する事項を就業規則の必要記載事項としています。多くの会社は、就業規則の本則から賃金の部分を切り出して賃金規程とし、就業規則の一部として届け出ています。

賃金の支払には、通貨で、直接労働者に、その全額を、毎月1回以上、一定の期日を定めて支払うという原則があります（労働基準法24条）。税金や社会保険料のように法令で定めるもの以外を給与から控除するには、労使協定が必要です。就業規則全体の見直しは就業規則の見直し｜上場審査で問われる労働時間管理と未払残業で扱っています。

図1　月例給与・賞与・退職金に分け、月例給与は基本給・諸手当・割増賃金の3つで組み立てます

上場審査との関係では、賃金規程そのものの出来より、規程どおりに賃金が計算され、法令に沿って割増賃金が支払われているかが問われます。東京証券取引所の上場審査は、内部管理体制の一部として法令を遵守する体制を確認し、主幹事証券の引受審査でも、未払残業代の有無や労務管理の状況について質問されるのが一般的です。

賃金規程の設計に誤りがあると、未払賃金がまだ帳簿に載っていない債務として表に出ます。とくに影響が大きいのは、固定残業代が無効と判断される場合、割増賃金の計算が誤っている場合、正社員と非正規社員の待遇差を説明できない場合の3つです。

図2　規程の設計の誤りは、未払賃金という簿外の債務として表に出ます

定めるべき主な事項

項目	主な内容	書き方のポイント
賃金の構成	基本給、諸手当、割増賃金、賞与	固定残業代を置く場合は独立した手当として定める
基本給	決定の基準（職務・等級・評価）	等級表や賃金テーブルは別表にする
諸手当	役職、資格、家族、通勤、住宅などの支給基準	支給の条件と金額を具体的に書く
割増賃金	率、計算の基礎となる賃金、1時間あたりの単価の計算方法	60時間超の率と除外できる手当を法令どおりに
欠勤・遅刻の控除	控除の計算方法	働かなかった時間を超える控除は減給の制裁になる
締切・支払	締切日、支払日、支払方法、控除	口座振込や控除の労使協定と合わせる
昇給・賞与	時期、基準、支給しない場合	賞与の支給対象者の在籍要件など

図3　規程の定めが給与システムの設定に正しく反映されているかが、計算の正確さを左右します

毎月の給与計算では、勤怠を締めて割増賃金を計算し、税金・社会保険料などを控除し、承認を経て振り込みます。規程の率や手当の扱いが給与システムの設定に正しく反映されていないと、規程が正しくても計算は誤ります。規程の改定と同時に、システムの設定を確認する手順を決めておくことが大切です。

図4　除外できるのは法令で定める手当に限られ、名称ではなく実態で判断されます

割増賃金の計算の基礎から除外できる賃金は、労働基準法37条5項と同法施行規則21条で、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金、1か月を超える期間ごとに支払われる賃金に限られています。名称が「住宅手当」でも、実態がこれに当たらなければ除外できないとされているため、支給の基準を見直すときは注意が必要です。

図5　賃金規程にはこれ以上の率を定めます。1か月60時間を超える時間外労働は5割以上です

主要条文の例と解説

ここからは、上場準備で見直すことの多い条文の例を示します。条文例はこの記事のために作成したもので、自社の賃金体系に合わせて調整してください。

賃金の構成と支払

条	条文例
第3条（賃金の構成）	賃金は、基本給、諸手当（役職手当、資格手当、家族手当、通勤手当及び固定残業手当）、割増賃金及び賞与とする。
第5条（締切日及び支払日）	賃金は、毎月末日に締め切り、翌月25日に支払う。支払日が金融機関の休業日に当たるときは、その前日に支払う。
第6条（支払方法）	賃金は、従業員の同意を得て、従業員が指定する本人名義の預金口座に振り込む方法により支払う。
第7条（控除）	賃金から、所得税、住民税、社会保険料その他法令に定めるもの、及び労使協定により控除することとしたものを控除する。

この条文のポイント：口座振込は、労働基準法施行規則により労働者の同意を得た場合に認められる支払方法なので、第6条で同意を前提にしています。2023年4月からは、労働者の同意を得て厚生労働大臣の指定を受けた資金移動業者の口座へ支払う、いわゆる賃金のデジタル払いも認められています。導入する場合は、支払方法の条文と同意書の様式を改めます。第7条は、社宅費や親睦会費などを控除するときに、労使協定が必要であることを示す条文です。

割増賃金

条	条文例
第15条（割増賃金の率）	時間外労働に対しては2割5分（1か月60時間を超える部分は5割）、法定休日の労働に対しては3割5分、深夜（午後10時から午前5時まで）の労働に対しては2割5分の率で計算した割増賃金を支払う。
第16条（計算の基礎）	割増賃金の計算の基礎となる賃金は、基本給、役職手当及び資格手当とし、家族手当（扶養家族の人数に応じて支給するもの）、通勤手当（通勤距離又は通勤に要する費用に応じて支給するもの）、固定残業手当及び賞与は算入しない。
第17条（1時間あたりの単価）	1時間あたりの単価は、前条の賃金の月額を、1年間における1か月平均所定労働時間数で除して算出する。

この条文のポイント：第15条の率は法律上の最低限で、これを上回る率を定めることもできます。第16条では、基礎に入れる手当と入れない手当を名前で列挙し、給与システムの設定と照らし合わせられるようにしています。新しい手当を作ったときに、どちらに入るかを決めないまま支給を始めると、単価の計算から漏れる原因になります。

固定残業代

条	条文例
第12条（固定残業手当）	固定残業手当は、時間外労働に対する割増賃金として、月32時間分の時間外労働に相当する額を支給する。支給額は、個別の労働条件通知書に記載する。
第12条第2項	実際の時間外労働に対する割増賃金の額が固定残業手当の額を超えるときは、その差額を当月分の賃金に加えて支払う。深夜労働及び休日労働に対する割増賃金は、固定残業手当とは別に支払う。
第12条第3項	会社は、固定残業手当に相当する時間外労働の時間数、実際の時間外労働の時間数及び差額の支給額を、給与明細書に記載する。

この条文のポイント：固定残業代（定額残業代）は、実際の残業の有無にかかわらず、一定の時間分の割増賃金をあらかじめ払う仕組みです。最高裁は、平成30年7月19日の判決（平成29年（受）第842号）で、定額の手当が時間外労働等の対価として支払われるものかどうかは、雇用契約に係る契約書等の記載内容のほか、使用者の説明の内容や実際の勤務状況などの事情を考慮して判断されるとの考え方を示しました。令和5年3月10日の最高裁判決では、賃金体系の変更で、従前は通常の労働時間の賃金（基本歩合給）として支払われていた賃金の一部を、名目だけ割増賃金に置き換えたと評価された事案で、割増賃金の支払と認められませんでした。

規程では、第1項で何時間分の割増賃金かを示し、第2項で超えた分を精算すること、第3項で給与明細に時間数と金額を示すことを定めます。こうしておくと、通常の賃金と割増賃金の部分を区別でき、超過分を払っていることも記録で示せます。

図6　通常の賃金との区別、時間外労働の対価であること、超過分の精算の3点を満たすよう設計します

厚生労働省は、固定残業代を採用する場合、募集の段階で、固定残業代を除いた基本給の額、固定残業代に関する労働時間数と金額等の計算方法、固定残業時間を超える時間外労働・休日労働・深夜労働に対して割増賃金を追加で支払う旨を明示するよう求めています。求人票、労働条件通知書、賃金規程で同じ内容を示しておくと、説明の食い違いを防げます。

図7　求人や労働条件通知書、賃金規程で同じ内容を示します

固定残業代が何時間分に当たるかは、基本給から1時間あたりの単価を出して確かめます。下の例では、基本給24万円、月の平均所定労働時間160時間とすると、時間外の単価は1,875円で、固定残業代6万円は32時間分になります。この時間数が実態から大きく離れていたり、36協定の原則の上限（月45時間）を超える時間数を設定していたりすると、有効性が争われやすくなるので注意します。

図8　基本給から1時間あたりの単価を出し、割増率をかけて、固定残業代が何時間分かを確かめます

図9　固定残業時間（32時間）を超えた月は、超えた時間分の割増賃金を毎月追加で支払います

賃金規程を不利益に変更するとき

上場準備で固定残業代を導入したり、手当を整理したりすると、一部の社員にとって賃金が下がる変更になることがあります。労働契約法10条は、就業規則の変更で労働条件を変更する場合、変更後の就業規則を周知し、労働者の受ける不利益の程度、変更の必要性、変更後の内容の相当性、労働組合等との交渉の状況などに照らして合理的であることを求めています。社員ごとの影響を試算し、説明会や経過措置（一定期間の調整手当など）を用意し、可能であれば個別の同意も得ておくのが一般的です。

図10　固定残業代の導入や手当の廃止は、合理性の説明と経過措置を用意して進めます

正社員と非正規社員の待遇差

パートタイム・有期雇用労働法8条は、短時間・有期雇用労働者の基本給、賞与その他の待遇のそれぞれについて、通常の労働者の待遇との間で、職務の内容、職務の内容・配置の変更の範囲その他の事情のうち、その待遇の性質と目的に照らして適切と認められるものを考慮して、不合理と認められる相違を設けてはならないと定めています。賃金規程を正社員用と契約社員・パート用に分けている会社は、手当や賞与ごとに相違があるか、その理由を説明できるかを確かめ、説明の記録を残しておきます。

図11　基本給・賞与・手当など待遇ごとに、性質と目的に照らして相違の理由を確かめます

昇給と賞与

条	条文例
第20条（昇給）	昇給は、毎年4月に、前年度の人事評価及び会社の業績を勘案して行う。ただし、会社の業績の著しい低下その他やむを得ない事由がある場合は、昇給を行わないことがある。
第22条（賞与）	賞与は、会社の業績及び個人の評価に応じて、原則として年2回、支給日に在籍する従業員に支給する。算定期間、支給日及び支給額の算定方法は、その都度定める。

この条文のポイント：昇給や賞与を「必ず行う」と書くと、業績が悪化した年にも支給の義務があると主張される余地が生じます。業績や評価に応じて決めること、行わない場合があることを明記しておきます。また、地域別最低賃金は毎年改定されるため、改定のたびに時間単価が下回る社員がいないかを確認する手順も、運用の中に組み込んでおきます。固定残業代を含めた月給で比べるのではなく、固定残業代などを除いた賃金で比べる点に注意します。

運用と証跡

賃金規程の運用で大切なのは、規程の定め、給与システムのマスタ設定、給与明細、賃金台帳の4つが一致していることを示せる状態です。規程を改定したら、システムの設定を変更した記録と、変更後の計算を検証した記録を残します。固定残業代を置いている場合は、毎月の時間外労働の時間数と超過分の支給額が給与明細に表示されていることを確認します。賃金台帳などの労働関係の重要な書類は、労働基準法109条により5年間（当分の間は3年間）の保存が必要です。

図12　規程の定め、システムの設定、給与明細、賃金台帳が一致していることを示せるようにします

給与計算は、計算する人と確認・承認する人を分けることが牽制の基本です。人事労務部が計算し、別の担当者や経理部が承認して振り込み、内部監査室がサンプルで再計算して規程との一致を確かめます。社会保険労務士に計算や確認を委託している会社も、委託先の確認の結果を記録として受け取っておきます。監査役（監査等委員会設置会社では監査等委員会）は、未払賃金のような労務のリスクが取締役会に報告されているかを確かめます。運用の証跡全般は上場審査で見られる「規程どおりの運用」｜運用の証跡の残し方を参照してください。

図13　計算・承認・振込を分け、内部監査室と監査役が規程と計算の一致を確かめます

見直しの時期は、N-3期に賃金規程と給与システムの設定、固定残業代の時間数と金額を診断し、N-2期の早い時期に改定・届出・周知を終えるのが目安です。不利益変更を伴う場合は経過措置の期間も必要になるため、N-3期のうちに着手しておくと、N-1期には改定後の規程による運用の記録を示せます。全体の順番は規程整備のスケジュール｜N-3期からの逆算と優先順位で解説しています。

図14　固定残業代や手当の見直しは、経過措置の期間も見込んで早めに着手します

子会社への展開

賃金規程は就業規則の一部なので、雇用主である子会社ごとに作成し、届け出る必要があります。国内の子会社は、親会社の賃金規程をもとに、割増率や割増賃金の基礎、固定残業代の扱いといった法令に関わる部分をグループで統一し、基本給の水準や手当の種類は子会社の事業に合わせて定める方法が一般的です。海外子会社は、現地の法令と賃金相場に合わせて作成します。

親会社は、子会社の賃金体系の大きな変更（固定残業代の導入、手当の廃止など）を関係会社管理規程で承認事項とし、未払賃金の発生や労働基準監督署の調査を報告事項にしておきます。グループ共通で管理する範囲はグループ共通規程の作り方｜子会社に適用する方法と範囲、承認・報告事項の決め方は関係会社管理規程の作り方｜子会社の承認事項と報告事項で扱います。

図15　賃金規程は会社ごとに定めます。親会社は賃金体系の方針と重要な変更の承認で関与します

よくある不備

不備の例	起きる原因	直し方
固定残業時間を超えた分を払っていない	固定残業代を「残業代込み」の給与と誤解している	毎月の時間数を集計し、超過分を給与明細に表示して支払う
資格手当などが単価の計算から漏れている	新しい手当を作ったときに設定を確認していない	規程で基礎に入れる手当を列挙し、設定と照合する
60時間超の率が2割5分のまま	2023年4月の改正に対応していない	規程と給与システムの率を5割以上に改める
固定残業代の時間数が規程・契約書・求人で違う	書類ごとに別々に作っている	時間数と金額を一つの資料で管理し、各書類に反映する
欠勤控除で働かなかった時間を超えて差し引いている	控除の計算方法が規程にない	控除の計算式を規程に書く

図16　規程・設定・明細・振込を順に照合し、計算の誤りを見つけます

規程一覧の全体像は既存記事の上場準備で整備する規程類｜内部統制の根拠となる規程一覧、給与の支払を含む現金預金の監査の着眼点は現金預金と経費精算の内部監査｜実査の手順とサンプル抽出も参考にしてください。

よくある質問

最初の一歩は、給与明細1枚を規程で再計算してみることです

まず、時間外労働が多い社員の給与明細を1枚選び、賃金規程の条文だけを使って割増賃金を再計算してみてください。単価の計算に入れる手当、率、固定残業代との差額が、明細の金額と一致するかを確かめると、規程の曖昧な部分と給与システムの設定のずれが具体的に見えてきます。

まとめ

賃金規程は、賃金の構成と計算方法を、だれが計算しても同じ結果になるように定める規程です。割増賃金の率と基礎を法令どおりに定め、固定残業代は時間数と金額を区別して示して超過分を毎月精算し、規程と給与システムの設定・給与明細・賃金台帳の一致を記録で示せるようにします。不利益変更を伴う見直しは経過措置も含めてN-3期から着手し、N-2期の早い時期に改定を終えておくこと、子会社は会社ごとに規程を整えて重要な変更を親会社の承認事項にしておくことが、上場審査に向けた準備の中心になります。

本記事の根拠

• 労働基準法（e-Gov法令検索）（24条、37条、89条、109条、115条）
• 労働基準法施行規則（e-Gov法令検索）（21条）
• 短時間労働者及び有期雇用労働者の雇用管理の改善等に関する法律（e-Gov法令検索）（8条）
• 最高裁判所 平成30年7月19日判決（平成29年（受）第842号）
• 最高裁判所 令和5年3月10日判決
• 厚生労働省 固定残業代を賃金に含める場合の適切な表示

免責：本記事は一般的な情報提供を目的とし、個別案件に対する法務、会計、税務その他の専門的助言を構成するものではありません。実際の対応は、最新の法令・取引所規則・公表資料を確認し、必要に応じて専門家へご相談ください。