税務調査で過年度の売上計上漏れを指摘されたとき｜修正申告と更正の請求の期限

執筆　公認会計士・税理士 鈴木佑也

🧾 会計上の修正再表示と、税務の手続は別に動く

会計上、過去の誤謬（財務諸表作成時に入手可能な情報を使わなかったこと、またはこれを誤用したことによる誤り）は、原則として過去の財務諸表を修正再表示することで訂正します（企業会計基準第24号4項(8)、21項）。比較情報として表示される過去の期間の数値そのものを直す処理です。

これに対して、法人税の確定申告は事業年度ごとに確定しています。会計上さかのぼって直しても、過去に提出した申告書が自動的に書き換わることはありません。所得金額に影響する誤りであれば、誤りのあった事業年度ごとに、修正申告または更正の請求という手続を別途とる必要があります。

ここで実務が混乱しやすいのは、会計上の誤謬と税務上の所得計算の誤りが必ずしも一致しない点です。会計上は修正再表示に当たっても、税務上はもともと損金・益金の額が変わらない項目であれば、税務手続は生じません。監査法人からは「修正再表示に伴って未払法人税等や還付法人税等をいつの期に、いくら計上するのか」「更正の請求が認められる見込みをどう評価したのか」を必ず問われますので、会計と税務の両面を同じ資料で説明できるように整理しておくことをおすすめします。

🧭 過少なら修正申告、過大なら更正の請求

納税申告書を提出した者は、申告した税額に不足額があるときなどには、税務署長による更正があるまでは、課税標準等または税額等を修正する納税申告書（修正申告書）を提出することができます（通法19条1項）。提出した時点で税額が確定する、納税者側で完結する手続です。

反対に、申告した税額が過大であるときなどは、税務署長に対して更正をすべき旨の請求（更正の請求）をします（通法23条1項）。こちらは請求しただけでは税額は変わらず、税務署長が調査のうえ更正をするか、更正をすべき理由がない旨を通知することで決着します（通法23条4項）。請求書には、更正前後の課税標準等・税額等、請求の理由、請求に至った事情の詳細を記載する必要があり（通法23条3項）、理由の基礎となる事実を証明する書類の添付も求められます（通令6条2項）。

比較項目	修正申告	更正の請求
使う場面	申告した税額が過少だった（納付不足）	申告した税額が過大だった（納めすぎ）
根拠条文	通法19条1項	通法23条1項・2項
確定の仕方	申告書の提出により税額が確定	税務署長の更正によって確定（通法23条4項）
期間	税務署長の更正があるまで	法定申告期限から原則5年
附帯税	延滞税・加算税の対象	還付加算金が加算される（通法58条）

⏰ 期間制限は「法定申告期限から5年」が基本

更正の請求ができるのは、その申告書に係る国税の法定申告期限から5年以内です。ただし、申告書に記載した純損失等の金額が過少であった場合のうち法人税に係るものは、10年以内とされています（通法23条1項）。欠損金の繰越期間に対応した取扱いで、過年度修正で繰越欠損金が増える方向の誤りが見つかったときに効いてきます。

5年を過ぎていても、判決（判決と同一の効力を有する和解等を含む）によって計算の基礎とした事実と異なることが確定した場合などは、その確定した日の翌日から2月以内に更正の請求ができます（通法23条2項）。政令では、許認可の取消し、契約の解除、帳簿書類の押収など、5つの理由が定められています（通令6条1項）。決算訂正の実務では、係争中だった取引の判決が確定して過年度の収益認識が変わる、といった場面が典型です。

税務署長側の期間制限も押さえておくと全体像がつかめます。更正・決定は原則として法定申告期限等から5年（通法70条1項）、偽りその他不正の行為により税額を免れた国税については7年（通法70条5項）とされています。

数値例｜費用の期ずれが2つの事業年度に影響するケース

3月決算の会社が、X1年3月期に計上すべき業務委託費8,000千円をX2年3月期に計上していた誤りを、X3年9月に発見したとします（法人税率は23.2%と仮定します）。

※上記は説明のための仮設例です。実際の税率・端数処理・地方税への影響は個別に確認してください。

💰 加算税・延滞税と、仮装経理があった場合の特例

附帯税	課される場面	割合
延滞税	修正申告書を提出して納付すべき税額があるとき（通法60条1項2号）	納期限の翌日から2月を経過する日までは年2.8%、それ以降は年9.1%（令和8年1月1日〜令和8年12月31日、国税庁公表）
過少申告加算税	期限内申告書の提出後に修正申告書の提出または更正があったとき（通法65条1項）	増差本税の10%。期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は5%上乗せ（通法65条2項）
重加算税	課税標準等の計算の基礎となるべき事実を隠蔽・仮装し、それに基づき申告していたとき（通法68条1項）	過少申告加算税に代えて35%

実務上重要なのは、自主的に早く直すほど負担が軽くなる仕組みになっている点です。調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたものでない修正申告は、加算税の割合が10%ではなく5%になります（通法65条1項かっこ書）。さらに、その修正申告が調査通知（調査の対象となる税目・課税期間等の事前通知）がある前に行われたものであるときは、過少申告加算税は課されません（通法65条6項）。過年度の誤りを社内で発見した場合、税務手続の着手を先延ばしにする理由はほとんどないと考えられます。

一方、粉飾決算のように事実を仮装して経理し、その結果として法人税を過大に納めていた場合には、通常とは異なる取扱いになります。税務署長は、その法人がその後の事業年度で仮装経理について修正の経理をし、かつ修正の経理をした事業年度の確定申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができるとされています（法法129条1項）。国税庁が公表している情報では、過年度遡及会計基準に従った修正再表示による処理も、この「修正の経理」として取り扱って差し支えないとされています。

減額更正がされた場合も、仮装経理に対応する部分の法人税額（仮装経理法人税額）は原則として直ちには還付されません（法法135条1項）。更正の日の属する事業年度開始の日前1年以内に開始した各事業年度の確定法人税額に達するまでの金額が還付され（同条2項）、残額は以後の各事業年度の法人税額から順次控除されます（法法70条）。控除しきれない部分は、更正の日の属する事業年度開始の日から5年を経過する日の属する事業年度の確定申告期限までに還付される仕組みです（法法135条3項）。粉飾の訂正は、資金繰りの回復に時間がかかる点を経営陣に説明しておく必要があります。

🔎 きっかけ別に見る、最初にやること

過年度の誤りは、見つかり方によって打てる手が変わります。同じ内容の誤りでも、自社で先に気づいた場合と、税務調査で指摘された場合では、加算税の水準も、税務署とのやり取りの進め方も違います。

とくに差が出るのが、調査の事前通知を受けた後に気づいた場合です。国税通則法65条1項は、修正申告書の提出が調査による更正を予知してされたものでないときは、過少申告加算税の割合を100分の5とするとしています。通常は100分の10ですから、気づいた時点ですぐ動けるかどうかで負担が変わります。

誤りは年度ごとにばらす

どのきっかけであっても、最初の作業は同じです。誤りの内容を事業年度ごとに分解し、各年度で税額が過少になっていたのか過大になっていたのかを区分します。ひとつの誤りが複数年度にまたがっているとき、ある年度は過少で別の年度は過大、ということが普通に起きます。

この区分ができていないと、修正申告と更正の請求のどちらを出すのかが決まりません。表計算で、年度を行に、誤りの項目を列に取った一覧を作るところから始めてください。

調査で指摘されたときに確かめること

税務調査で誤りを指摘された場合、指摘の範囲と自社が把握している誤りの範囲がずれていないかを最初に確かめてください。調査官が見ているのは調査対象年分ですが、同じ処理をそれ以前からしていれば、誤りはもっと前から続いています。

自社の側から範囲を広げて申し出るかどうかは、加算税や期間制限も踏まえた判断になります。ただ、社内では全期間の影響額を先に把握しておかないと、どこで線を引くかの判断ができません。指摘を受けた範囲だけを見て終わりにしないことが大事です。

📋 更正の請求はどう出すか

更正の請求は、口頭で申し出るものでも、修正申告のように自分で税額を確定させるものでもありません。国税通則法23条3項は、更正後の課税標準等または税額等、更正の請求をする理由、請求をするに至った事情の詳細、請求に係る更正前の納付すべき税額および還付金の額に相当する税額その他参考となるべき事項を記載した更正請求書を、税務署長に提出することを求めています。

提出したあとは、税務署長が課税標準等または税額等について調査し、更正をするか、更正をすべき理由がない旨を通知することになっています（同条4項）。つまり、出せば自動的に還付されるわけではなく、審査を受ける手続です。

事情の詳細をどう書くか

条文が求めている請求をするに至った事情の詳細は、実務ではここがいちばん重要になります。なぜ当時は誤った処理をしたのか、いつ、何をきっかけに誤りに気づいたのか、どのように金額を再計算したのか。この3点が時系列で書かれていると、審査が短く済みます。

逆に、単に計算を間違えていましたとだけ書いて数字を並べると、追加の説明を求められて往復が増えます。会計上の修正再表示のために作った検討資料は、そのまま事情の詳細の裏づけとして使えるので、両方を同じタイミングで整えておくのが効率的です。

還付までにかかる時間

調査の期間は事案によりますが、金額が大きい場合や、事実関係の確認が必要な場合は数か月かかることがあります。資金繰りの計画に組み込むときは、請求を出した月に戻ってくる前提では組まないでください。

複数年度にまたがるときの出し方

誤りが5年分にわたっていれば、更正の請求も修正申告も年度ごとに出します。1枚にまとめて出すことはできません。年度によって過少と過大が混ざる場合は、同じ時期に修正申告と更正の請求を並行して出すことになります。

このとき、両者は別の手続なので、進み方も別です。修正申告は提出した時点で税額が確定し、納付が必要になります。更正の請求は審査を経てから還付されます。つまり、先に納めて後から戻ってくる形になるので、資金の出入りのタイミングがずれます。金額が大きいときは、この時間差を資金繰りに織り込んでおいてください。

👤 従業員の不正・横領が原因だった場合

実務でいちばん整理が難しいのが、従業員の横領や架空売上が原因だった場合です。会社にとっては被害者の立場ですが、税務上は損失の計上時期と、加害者に対する損害賠償請求権の計上時期を、それぞれ決める必要があります。

損失をいつの損金にするか

法人税基本通達2-1-43の注は、損害賠償金の請求の基因となった損害に係る損失の額について、保険金または共済金により補填される部分の金額を除き、その損害の発生した日の属する事業年度の損金の額に算入することができるとしています。つまり、発覚した年度ではなく、実際に損害が生じた年度の損金にできるという扱いです。

損害賠償請求権をいつの益金にするか

同じ通達の本文は、他の者から支払を受ける損害賠償金の額について、その支払を受けるべきことが確定した日の属する事業年度の益金の額に算入するとしたうえで、法人がその損害賠償金の額について実際に支払を受けた日の属する事業年度の益金の額に算入している場合には、これを認めるとしています。

ここが争いになりやすいところです。損失は過去の年度に落ちるのに、請求権は将来の年度に立つ、という組み方ができるのか。それとも同じ年度で両建てになるのか。判断は事実関係によるので、いつ発覚し、いつ加害者と示談が成立し、いつ支払を受けたのかを時系列で残しておくことが、そのまま説明資料になります。

架空売上があった場合

横領を隠すために架空の売上が計上されていた場合、その年度の所得は過大になっています。減額更正を求める話になりますが、ここで問題になるのが仮装経理に当たるかどうかです。当たると判断されれば、後述のとおり還付が制限されます。

従業員が単独で行った不正について、法人が事実を仮装したと言えるのかは、事案によって見方が分かれます。会社の管理体制、経営陣の認識、発覚後の対応をどう説明できるかが実務の分かれ目になりますので、この点は早い段階で顧問税理士と方針を合わせておいてください。

上場準備中・上場会社の場合に増える論点

上場準備中の会社や上場会社では、税務手続だけでは終わりません。過年度の財務諸表を直すことになれば、提出済みの有価証券報告書の訂正、適時開示、監査報告書の扱いといった論点が同時に動きます。不正が原因であれば、調査委員会を置くかどうかの判断も必要になります。

税務の手続と開示の手続はスケジュールが別に走るので、どちらかを待っているうちにもう片方の期限が来る、ということが起きます。発見した時点で、税務・会計・開示の3本の期限を1枚の表にしてください。開示側の進め方は有価証券報告書の訂正報告書｜提出範囲・監査報告書の再発行と実務対応と不適切会計が発覚したら｜調査委員会の設置と適時開示・上場管理措置で扱っています。

⏳ 期限を過ぎていたら、もう何もできないのか

会社が動ける期間と、税務署が動ける期間は別に定められています。会社側の更正の請求は法定申告期限から5年以内（国税通則法23条1項）、法人税で純損失等の金額が過少であった場合などは10年以内です。

税務署側の更正・決定は、法定申告期限から5年を経過した日以後はできません（国税通則法70条1項）。ただし、偽りその他不正の行為により税額を免れ、または還付を受けた国税については、7年を経過する日まで更正・決定ができるとされています（同条5項）。

5年を過ぎた過大納付はどうなるか

更正の請求の期限を過ぎてしまうと、原則として税額を戻す手続はありません。会計上は修正再表示をして過去の財務諸表を直しますが、税務上の税額は動かないままです。この場合、会計と税務のずれが解消しない形で残ることになるので、税効果会計の検討も必要になります。

逆に言えば、期限の管理そのものが実務の要です。誤りを見つけた時点で、各事業年度の法定申告期限がいつだったかを一覧にし、残りの期間を確認してください。決算作業と並行して進めているうちに期限を過ぎた、という事故は実際に起きます。

過去の申告書が手元にあるか

5年前、10年前の申告書と、その根拠になった資料が社内に残っているかも確認してください。更正の請求では、当時の課税標準等や税額等を書く必要があります。申告書控えは残っていても、内訳の根拠資料が処分されていて再計算できない、という事態が起こります。

とくに会計システムを入れ替えている場合、旧システムのデータが参照できないことがあります。誤りの調査に入る前に、どこまでさかのぼって数字を復元できるかを先に確かめておくと、無駄な作業を避けられます。

仮装経理に当たると判断された場合の資金への影響

架空売上が仮装経理に当たると判断されると、過大に納めた法人税はすぐには戻りません。まず、事実に係る修正の経理をして、その事業年度の確定申告書を提出するまでは、税務署長は更正をしないことができるとされています（法人税法129条1項）。

減額更正がされた後も、仮装経理に対応する部分の法人税額は原則として直ちには還付されず、更正の日の属する事業年度開始の日前1年以内に開始した各事業年度の確定法人税額に達するまでの金額が還付されるにとどまります（同法135条2項）。残りは以後の各事業年度の法人税額から順次控除され、控除しきれない部分が還付されるのは、更正の日の属する事業年度開始の日から5年を経過する日の属する事業年度の確定申告期限までです（同条3項）。

つまり、粉飾を正すと決めてから資金が戻り切るまでに、最長で5年かかる設計になっています。訂正の意思決定をする場面では、この点を経営陣に数字で示しておかないと、あとから話が変わります。

🧾 消費税も同じ手続が要る

売上や仕入の計上時期を誤っていた場合、影響するのは法人税だけではありません。消費税の課税標準も変わるため、消費税についても修正申告または更正の請求が必要になります。

更正の請求と修正申告は国税通則法に定められた国税共通の手続なので、消費税でも同じ条文が適用されます。更正の請求の期限は法定申告期限から5年です。法人税だけを直して消費税を忘れる、という漏れが起きやすいので、年度ごとの一覧には消費税の欄も設けておいてください。

なお、税額への影響の出方は法人税と消費税で違います。法人税は所得金額を通じて効きますが、消費税は課税区分そのものが変わることがあり、課税売上割合や仕入税額控除にまで波及する場合があります。金額が大きい場合は、消費税だけを別に試算しておくと安全です。

🗒️ よくある質問

🧭 まとめ

過年度の誤りへの対応は、会計上の修正再表示と税務上の手続を切り分けて考えることが第一歩です。事業年度ごとに税額が過少か過大かを判定し、過少なら修正申告（通法19条1項）、過大なら法定申告期限から原則5年以内の更正の請求（通法23条1項）に進みます。5年を過ぎていても後発的事由があれば2月以内の請求が可能で（通法23条2項）、仮装経理が絡む場合は還付の時期に特例がかかります。

連載の他の回は過年度修正 完全ガイドから一覧できます。前回は会計上の遡及処理と確定決算主義の関係を、次回は「遡及適用・修正再表示と税効果会計｜繰延税金資産の回収可能性への影響」を取り上げます。

参考

• 企業会計基準第24号「会計方針の開示、会計上の変更及び誤謬の訂正に関する会計基準」4項(8)、21項
• 国税通則法19条1項、23条1項・2項・3項・4項、58条、60条1項2号・2項、65条1項・2項・6項、68条1項、70条1項・5項（e-Gov法令検索・国税通則法）
• 国税通則法施行令6条1項・2項（e-Gov法令検索・国税通則法施行令）
• 法人税法70条、129条1項、135条1項・2項・3項（e-Gov法令検索・法人税法）
• 国税庁　法人が「会計上の変更及び誤謬の訂正に関する会計基準」を適用した場合の税務処理について（情報）
• 国税庁　延滞税の割合（令和8年1月1日〜令和8年12月31日の割合を参照）