ソフトウェア開発と研究開発税制｜試験研究費の範囲と税額控除の計算

執筆　公認会計士・税理士 鈴木佑也

※本記事は2026年10月7日時点の公表資料に基づきます。

対象になるのは2種類：自然科学研究と「新たなサービス開発」

研究開発税制（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除、租税特別措置法第42条の4）の対象となる試験研究費には、2つの類型があります。1つは、製品の製造や技術の改良・考案・発明に関する試験研究で、ここでは「自然科学研究」と呼びます。もう1つは、対価を得て提供する新たな役務（サービス）の開発に関する試験研究で、ここでは「サービス開発」と呼びます。

自然科学研究とは、新しい知見を得るため、または既に知られている知見の新しい応用を考え出すために行う、創造的で体系的な調査・収集・分析などの活動のうち、自然科学に関するものをいいます（租税特別措置法関係通達42の4(1)-1）。新製品だけでなく、現在作っている製品や既存技術の改良も含まれます。一方、人文科学や社会科学の研究活動は含まれません。

図1　ソフト開発はどちらの類型でも対象になりうる。人文・社会科学の研究は含まれない

ソフトウェア開発で対象外になる活動

通達では、試験研究に含まれない活動が例示されています（同通達42の4(1)-2）。ソフト開発に関係が深いのは、市場販売目的のソフトで製品マスターが完成した後の不具合修正などの機能維持、システムの運用管理、利用者向けマニュアルの作成やサポート、ソフトと明確に区分できるコンテンツの制作です。既存の財務分析や在庫管理の手法をそのまま導入する活動や、他社製品の仕組みをまねるだけの解析も対象外です。

図2　租税特別措置法関係通達42の4(1)-2の例示のうち、ソフト開発に関係するものを要約した

判断が分かれやすいのが、業務システムの開発です。熟練者の手作業を自動化するために独自のアルゴリズムを作り、それをソフトに実装するような開発は、応用研究・実用化研究に当たり、対象になりうると考えられます。これに対し、既に他社が開発したソフトを単に導入するだけなら、試験研究とはいえない可能性があります。ただし、導入にあたって新しい試行錯誤が必要で、うまくいくかどうか結果に不確実性がある場合は、対象になりうると考えられます。

図3　既存ソフトの導入でも、試行錯誤や結果の不確実性があれば対象になりうる

開発したソフトを自社内で使うなら技術の改良に関する試験研究、他社に販売するなら製品の製造に関する試験研究として整理することになります。いずれにしても、「何が未知で、何を試したのか」を開発計画や議事録で示せることが前提です。会計上の研究開発費の範囲は研究開発費の範囲と会計処理｜ソフト開発で研究・開発に当たる例と当たらない例で解説していますが、会計と税務で範囲が完全に一致するわけではない点に注意してください。

サービス開発の3プロセス：データ分析・設計・検証

サービス開発の類型は、次の3つの工程をすべて行う場合に対象になります（租税特別措置法施行令第27条の4、同法施行規則第20条）。第1は、確率論・統計学と情報処理の専門知識を持つ人が、専用のソフトを使って大量のデータを分析し、法則を見つけることです。第2は、見つけた法則を使ってサービスを設計することです。第3は、法則が妥当であり、サービスが目的に照らして有用であることを確かめることです。

3工程すべてを行うかどうかは、試験研究の計画段階で全工程の実施を決めているかで判定します（同通達42の4(1)-6）。分析に使うデータは、センサーなどで自動的に集めた大量の情報のほか、令和5年度改正により、自社が既に持っているビッグデータも使えるようになりました。ただし、データを集めたり取得したりする行為そのものは試験研究に含まれません。

図4　試験研究の計画段階で、3工程すべてを行うことを決めているかで判定する

当てはまりうる例としては、車両のセンサー情報と交通データを分析して最適な配送ルートを有償で配信するサービスや、設備の稼働記録から故障の予兆を見つけて通知する保守サービスなどが考えられます。

「大量の情報を収集する機能」がどの程度のものを指すかについては、国税局の照会への回答で、信頼できる分析結果を出すのに必要かつ十分な質と量のデータを、専用のソフトで自動的に集める機能があれば足りるとする考え方が示されています。データの件数が何万件以上といった形式的な基準があるわけではないため、分析の目的に照らしてデータが十分であることを、分析計画書などで説明できるようにしておきます。

図5　いずれも対価を得て提供する新しいサービスで、分析・設計・検証の3工程を計画している場合を想定

注意したいのは、この類型があくまで「対価を得て提供する」「新たな」サービスの開発を目的としていることです。自社の作業効率を上げるための開発や、既存サービスの質を少し高めるだけの改良は、当たらない可能性が高いと考えられます。社内の業務改善が目的なら、サービス開発ではなく自然科学研究（技術の改良）に当たるかを検討します。

図6　社内の効率化や既存サービスの単なる改良は、サービス開発の類型に当たらない可能性が高い

費用の集め方：委託費・補助金・「専ら従事」の人件費

試験研究費には、試験研究のための原材料費、人件費、経費のほか、他社に試験研究を委託した場合の委託費も含まれます。委託した場合は委託した側で集計し、受託した側は委託者から受け取る対価を自社の試験研究費から差し引きます。ソフト開発を外注した会社は委託者として集計し、受託開発を請け負った会社は、受注案件の費用を対象に含めないということです。また、国などから試験研究のために交付を受けた補助金も差し引きます（同通達42の4(2)-1）。サービス開発の類型では、外注費・委託費のうち対象になる範囲が自社で行う場合と同じ範囲に限られるなど、細かな制限がある点にも注意が必要です。

図7　委託した側が集計し、受託した側は受け取った額を除く。国等の補助金も差し引く

実務で最も問題になるのが人件費です。対象になるのは、専門的知識をもって試験研究の業務に「専ら」従事する人の人件費に限られます。半分は運用保守、半分は研究というような人の人件費を時間で按分して入れる考え方はとられておらず、目安としておおむね8〜9割以上の時間を研究業務に充てている人が考えられる、という解説もあります。

また国税庁は、試験研究部門の専任者や研究プロジェクトの全期間に従事する人に限らず、次の4つの事項をすべて満たす人も「専ら従事する者」に当たるとする取扱いを示しています。担当する工程の期間中その業務に専属していること、担当工程が研究に欠かせず本人の専門知識が不可欠であること、計画に沿って合計でおおむね1か月（実働20日程度）以上従事していること、従事状況が区分され人件費が適正に計算されていることです。

図8　試験研究部門の専任者や全期間従事者のほか、4つの事項をすべて満たす兼務者も対象になる

この判定を支えるのが工数記録です。日々の作業時間をプロジェクトと工程ごとに記録し、研究の工程に専属していた期間を後から示せるようにしておきます。プロジェクト管理ツールのチケットと勤怠の記録を突き合わせられる形にしておくと、調査の際に説明しやすくなります。

税務調査では、集計表に載った人が本当に研究業務に専属していたかが確認されます。勤怠上は研究プロジェクトに配属されていても、実際には顧客対応や運用当番を兼ねていた、という事実が見つかると、その人の人件費全体が対象外とされるおそれがあります。研究に専念する期間中は兼務を外す、やむを得ず兼務する場合はその人を集計から除く、といった運用ルールを決めておくと安全です。

図9　日々の記録をプロジェクトと工程で区分し、専属していた期間を後から示せるようにする

集計の項目	含めるもの	含めない・差し引くもの
人件費	研究業務に専ら従事する人の給与・賞与等	運用保守との兼務者の按分額
原材料費・経費	試作・検証に使った費用	通常の事業活動の費用
委託費	委託した研究の対価（委託者側）	受託した研究で受け取る対価
補助金	―	国等から受けた補助金の額
減価償却費	研究用の資産の償却費	研究以外に使う資産の償却費

自社利用ソフトの取得価額に入った試験研究費も対象

税額控除の対象になる試験研究費は、その年度に損金になる試験研究費に加えて、研究開発費として損金経理（決算で費用として処理）した金額のうち、固定資産などの取得価額に入れるべき部分も含みます。この2つ目のルートは、令和3年度改正で設けられました。研究開発費以外の科目で処理していても、財務諸表の注記で研究開発費の総額に含めていることが明らかなら対象になります（同通達42の4(1)-3）。

図10　損金になる試験研究費に加え、研究開発費として損金経理し資産の取得価額になった額も対象になる

改正の背景には、自社利用ソフト特有の問題がありました。クラウドで顧客に使わせるソフトのような自社利用ソフトは、会計では収益獲得の確実性が不明な段階の開発費を費用にしますが、税務ではソフトの取得価額に入れ、完成後に償却します（詳しくはソフトウェアの税務｜取得価額・研究開発費・修繕費・償却・開発受託）。改正前は、開発中は損金にならないので対象外、完成後の償却時は研究用ではないのでやはり対象外となり、どの時点でも控除を受けられませんでした。改正により、研究開発費として損金経理し取得価額に入った額が、その年度の対象に含まれるようになりました。

図11　令和3年度税制改正で、取得価額に入った試験研究費も対象になった

税額控除の計算と控除上限、不適用措置

一般型の税額控除額は、「試験研究費の額×控除率」で求める税額控除限度額と、「調整前法人税額×一定割合」で求める控除上限額のいずれか少ない額です。控除率は、当期の試験研究費が過去3年の平均（比較試験研究費）からどれだけ増えたかを示す増減試験研究費割合に応じて変わります。令和8年4月1日から令和9年3月31日までに開始する事業年度では、増減試験研究費割合が12％を超える場合は11.5％に超えた部分の0.375倍を加え、12％以下の場合は11.5％から不足分の0.25倍を差し引き、上限14％、下限1％の範囲で決まります。中小企業者等は12％を基本に、増減試験研究費割合が12％を超えると最大17％まで上がります。

図12　令和8年4月1日〜令和9年3月31日に開始する事業年度の算式で作図（試験研究費割合10％超の上乗せは除く）

控除上限は原則として調整前法人税額の25％で、試験研究費の増減に応じた上乗せ・減額や、売上高に対する試験研究費の割合が10％を超える場合の上乗せがあります。令和8年度税制改正では、一般型の控除率の算式と控除上限の増減の基準が見直され、令和9年4月1日以後に開始する事業年度から適用されます。改正後は控除率の下限が0％となるなど、試験研究費を増やさない会社には厳しい内容です。中小企業向けの上乗せ措置は3年延長され、控除しきれない額の繰越しも設けられました。適用する年度の算式を必ず確認してください。

なお、比較試験研究費は、当期の前3年以内に開始した各事業年度の試験研究費の平均額です。過去の年度の集計方法と当期の集計方法がずれていると、増減試験研究費割合が実態より大きく見えたり小さく見えたりします。制度を初めて使う会社は、過去3年分についても同じ基準で試験研究費を集計し直しておくことが大切です。

図13　原則は調整前法人税額の25％。時限措置で上乗せ・減額があり、令和9年4月以後開始年度から基準が変わる

大企業には不適用措置があります。中小企業者等以外の法人が、所得が前年度より増えた年度に、継続雇用者の給与等の増加率が1％未満（従業員2,000人超などの場合は2％未満）で、かつ国内設備投資額が当期の償却費総額の30％以下（同40％以下）であるときは、研究開発税制を含む一定の税額控除が使えません。研究開発の担当者だけでなく、人事・経理と連携して、賃上げと投資の状況を早めに確認しておく必要があります。

図14　所得が増えたのに賃上げも国内投資も不十分な大企業は、研究開発税制などの税額控除が使えない

特別試験研究費と、その他のソフト関連の優遇税制

大学や国の研究機関、研究開発型ベンチャーなどと共同研究や委託研究を行う場合は、特別試験研究費（オープンイノベーション型）として、相手先に応じて20％〜30％の控除率が使えます。控除上限は調整前法人税額の10％で、一般型とは別枠です。ただし、契約内容や相手先の確認など手続の要件があり、一般型と同じ費用を二重に使うことはできないため、どちらで使うのが有利かを計算して選びます。さらに令和8年度改正では、AIや量子などの重点技術の研究を対象に、認定を受けた計画に基づく試験研究費に40％（一定の共同研究等は50％）の控除率を適用する戦略技術領域型が創設され、令和9年度から適用が始まる予定です。

図15　共同研究・委託研究の相手先によって控除率が変わる。控除上限は調整前法人税額の10％

計算例で確認します。架空の大企業F社は、令和8年4月開始の事業年度の試験研究費が120,000千円、過去3年の平均が100,000千円、調整前法人税額が50,000千円とします。増減試験研究費割合は20％で、控除率は11.5％＋（20％−12％）×0.375＝14.5％ですが上限の14％となり、税額控除限度額は16,800千円です。控除上限を原則の25％で計算すると12,500千円ですので、控除できるのは12,500千円です（控除上限の増減は省略しています）。

同じ数字で、F社が中小企業者等だった場合も見ておきます。控除率は12％＋（20％−12％）×0.375＝15％で、税額控除限度額は18,000千円です。増減試験研究費割合が12％を超えるため、時限措置により控除上限が10％上乗せされて35％となり、上限額は17,500千円です。控除できるのは17,500千円で、大企業の場合より5,000千円多くなります。中小企業者等に当たるかどうかは、資本金や大規模法人との資本関係で判定しますので、グループ内の子会社では特に注意が必要です。

図16　単位：千円。令和8年4月開始の事業年度を想定。控除上限の増減と試験研究費割合の上乗せは省略

研究開発税制以外にも、ソフトに関する優遇税制があります。中小企業者等が一定のソフトウェア（1つ70万円以上）を取得した場合に即時償却や税額控除を選べる中小企業経営強化税制は、令和7年4月1日現在の法令では令和9年3月31日までの取得が対象です。一方、デジタル投資を後押ししたDX投資促進税制は、令和7年3月31日の期限到来をもって廃止されました。制度ごとに期限と要件が頻繁に変わるため、投資を決める前に最新の法令を確認してください。

図17　期限・要件は改正が多い。適用する年度の法令で必ず確認する

確認の場面	担当	見る資料
開発計画の段階	開発部門・経理	研究計画書、仮説と検証方法
開発の実行中	開発部門	工数記録、議事録、検証結果
決算の段階	経理	試験研究費の集計表、補助金・受託収入
申告の段階	経理・税理士	増減試験研究費割合、控除上限、不適用措置

研究開発の進め方と投資判断の枠組みはソフトウェア事業のKPI管理｜ポートフォリオ管理とゲートレビューの作り方、海外の開発会社への委託に関する税務は海外とのソフトウェア取引の税務｜源泉徴収・租税条約・消費税の判定で解説しています。税務調査への備えは税務調査 完全ガイド｜連絡が来てから終わるまでの全手順も参考にしてください。

よくある質問

最初の一歩は、進行中の開発案件を「研究要素あり・なし」で一覧にすることです

開発案件ごとに、未知の課題と検証方法があるかを開発責任者に確認し、研究要素のある案件だけを抜き出してください。そのうえで、その案件に専属している人と期間を工数記録で確かめれば、対象になりうる試験研究費の規模がつかめます。

まとめ

ソフト開発の費用は、新たな知見や応用を目指す自然科学研究か、データ分析・設計・検証の3工程を伴う新サービスの開発に当たれば、研究開発税制の対象になります。製品マスター完成後の機能維持、運用管理、サポート、既存手法の単なる導入は対象外です。人件費は研究業務に専ら従事する人に限られ、工数記録による裏付けが欠かせません。自社利用ソフトの取得価額に入った試験研究費も対象になり、控除額は控除率と控除上限のいずれか少ない額で決まります。令和8年度改正で令和9年4月以後の算式が変わるため、適用する年度の法令を必ず確認しましょう。

本記事の根拠

• 国税庁 タックスアンサーNo.5442「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」
• 国税庁 タックスアンサーNo.5444（中小企業技術基盤強化税制）
• 国税庁「試験研究費税額控除制度における人件費に係る「専ら」要件の税務上の取扱いについて」
• 経済産業省「研究開発税制の概要」（令和8年度税制改正後）
• 租税特別措置法（第42条の4 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）e-Gov法令検索
• 国税庁 タックスアンサーNo.5434（中小企業経営強化税制）

免責：本記事は一般的な情報提供を目的とし、個別案件に対する法務、会計、税務その他の専門的助言を構成するものではありません。実際の対応は、最新の法令・取引所規則・公表資料を確認し、必要に応じて専門家へご相談ください。